1.ファイルの作成
まず、シミュレーションの内容を記述するためのhocファイルを作業用フォルダに作成する。（前 頁参照）2.createコマンド
1で作成したファイルをテキストエディタで開き、細胞モデルを作成していく。細胞モデルを作成するためには、セクション(＝コンパートメント)を作成する必要がある。 そして、セクションを作成するために”createコマンド”を利用する。 ファイルには以下のように入力する。
createコマンドは”create セクションA, セクションB,・・・”とすることで、「セクションA, セクションBという名前のセクションを作成する」という命令文になる。
それぞれのセクションの名称は、以下の通りである。
3.セクションの形状
それぞれのセクションは、長さと太さを自由に決めることができる。この時、長さをL, 太さdiamと置き、入力していく。
例. 樹状突起の入力
図1
図1を入力すると、以下のようになる。
4.空間的計算の精度
3で述べたように、各セクションは、長さや太さを自由に設定することができる。NEURONではセクションの長さに応じて空間的計算の精度を自分で設定する必要がある。
空間的計算の精度とは、セクションを何分割してシミュレーションを行うかということである。
例えば、長いセクションを2分割してシミュレーションを行った場合、膜電位の空間的計算の精度は非常に悪いため、正しい結果を得ることはできない。そのため、 セクションの長さに応じて空間的計算の精度を良くしてシミュレーションを行う必要がある。
空間的計算の精度は、nsegと置き、diamコマンドの後に入力する。
例, 図1のセクションの空間的計算の精度を1とした場合
