スエーデンの植物学者リンネ（Linne）が1753年に「植物の種」（Species Plantrum）を出版し、初めて植物の分類を体系化してわかりやすくし、命名法を作りました。

植物の分類群の階級と名称を以下に示しました。

界（※1）	Kingdom	門	Division
綱	Class	亜綱	Subclass
目	Order	亜目	Suborder
科	Family	亜科	Subfamily
連	Tribe	亜連	Subtride
属	Genus	亜族	Subgenus
節	Section	亜節	Subsection
種	Species	亜種	Subspecies(subsp.)
変種	Variety(var.)	亜変種	Subvariety(subvar.)
品種（※2）	Forma(f.)	栽培品種（※3）	Cultivar(cv.)

※1：植物界
※2：植物分類学上の用語
※3：栽培品種とは、人為的に作出した小変異で、ある何かの形質によって明らかに区別され、繁殖によっての特徴が維持される栽培植物の集団のことをいう。

上記を全部表現するのは非常に大変です。そこで、属以下を簡略して表記します。
ところが、園芸植物には品種数が極めて多いことから、栽培植物命名規約に従って、「属名＋種小名＋品種名」の3つを連記（命名者を入れると4連記）して、種の命名者を種小名と品種名の間に付記する方法がとられます（今西、2000）。
トマトなどは栽培品種が極めて多いので同様の方法を用います。

【例】Lycopersicon （属名） esculentum （種小名） Mill.（命名者）cv. Momotarou （品種名）
※属名と種小名はイタリック表記

※野生種トマトの場合
栽培品種ではないので、「属名＋種小名」の2つのみを連記（命名者を除く）します。

【例】Lycopersicon （属名）　pimpinellifolium （種小名） (Jusl.) Mill.（命名者）

【例外1】Lycopersicon （属名） esculentum （種小名）　var. cerasiforme （変種）

この場合のcerasiforme は栽培品種がエスケープ（逸脱）して変種になったとして つけられました（Esquinas-Alcazar, 1981）。わが国ではチェリートマト、ミニトマトと 呼ばれています。

【例外2】Lycopersicon （属名）　cheesmanii （種小名）　f.　minor （品種）

ガラパゴス諸島に自生する野生種トマトで、Lycopersicon cheesmanii Rileyが一般的なのですが、この種だけは外見上、葉はしだ状であり植物体全体に毛が多く、とても同じ種には見えません。しかし、栽培している種ではないので「栽培している品種」の意味ではありません。植物分類学上で使う品種という「ｆ. 」を使ってLycopersicon cheesmanii Rileyと区別しています。

【例外3】Lycopersicon （属名） (Solanum )　pennellii （種小名） Dun.（命名者）

これでは、トマト属とナス属が同時に書いてあってわかりませんね。実は発見以来、いまだにどちらの属が判別がむづかしいので両方を同時に併記しているのです。
・花は黄色＝トマト属
・雌しべが飛び出している＝ナス属
・栽培種と交雑できる＝トマト属
・花柄の離層の位置が基部にある＝ナス属
・葉緑体DNAによる判定＝トマト属
・受粉様式＝ナス属
・離層細胞のでき方＝ナス属
上記のように、トマト属とナス属の特徴を兼ね備えていることがわかりますね。

【例外4】Series （列） Juglandifolia （列名）

これに属する種には、Solanum rickii Corr. とSolanum ochranthum があります。
つまり他の野生種トマトとは違う列の下に、属　種小名　命名者があるわけです。 植物分類学上はどうみてもナス属であるが、極めてトマト属に近い存在である種のグループをいいます。同じ地域に自生するジャガイモの野生種は、Solanum tuberosumといい、地下に茎を形成しますが、上記の2種は地下に茎を形成せず、花もトマトと同じ黄色です。

【例外5】ここまでくると嫌になるでしょうが、重要です。

野生種トマトでは、同じ種であっても分布地域が広大であり谷、川、町、島ごとに異なった形質を持っていてとても同じ種とは思えないものもあります。
特に、機能性を追及する私たちは、「この種に耐塩性があった」といわれても、「どの島の？」 「どのあたりに自生していた変種ですか？」となります。
同じ種でひとまとめにして「耐塩性がある」といってはいけない場合が多いのです。
そこで、どの地域に自生していたか明瞭に区別、分類して保存し研究に用いています。
これは国際的に共通のことであるので、Lycopersicon accessionの頭文字をとり「LA＋番号」で表示します。これが、野生種のトマトでいう品種の変わりになるものです。
最初に行ったアメリカ・カリフォルニア大学の方法にならってLA番号をつけています。
なお、わが国ではaccessionというと「系統」を意味し、人為的に育種して系統を作った場合と混乱するとしてLAをLycopersicon strainとし「LS＋番号」で表示することもあります。どちらも区別することでは同じですが、時々「LA番号をLS番号に置き換えて表示」してある場合があるので、混乱しますから確認が必要です。

【例】Lycopersion cheesmanii f.minor LA483
ガラパゴス諸島に自生する耐塩性を有する機能性の高い野生種トマト。しだ状の葉を有して節間は極端に短く職物体は毛で覆われています。オレンジ色の果実をつけます。
【例】Lycopersicon cheesmanii Riley LA1039
同じくガラパゴス諸島に自生していま すが、葉は栽培種トマトを小型化したような形状で、節間が長く、植物体は毛がほと んどありません。黄色い果実をつけます。耐塩性はほとんどありません。